Porteur des valeurs de l’UNESCO portées par la Citadelle, le Muséum d’Histoire naturelle de Besançon est un Musée de France. Ses missions sont la conservation de ses collections, la recherche et la diffusion des connaissances au plus grand nombre.
Sa particularité est d’exposer de nombreux animaux au sein de ses espaces animaliers (Aquarium, Noctarium, Insectarium, Jardin zoologique et Petite ferme) pour illustrer son propos scientifique. Ce dernier est particulièrement développé au sein d’un espace d’exposition permanent, le Naturalium, conçu pour aider petits et grands à comprendre ce qu’est la biodiversité, à découvrir son histoire et son fonctionnement, et à s’interroger sur la place de l’Homme au sein du monde naturel.